CpG島分析工具用于分析CpG島的潛在區域，分析算法請參考文獻Gardiner-Garden and Frommer (1987)。算法采用大小為200bp、步長為1的滑動窗口進行計算。CpG島是Obs/Exp值大于60%，GC含量大于50%的一段序列。期望值(Exp)=‘C’的出現次數 * ‘G’的出現次數 / 滑動窗口大小。CpG島一般出現在脊椎動物基因的5'端，所以此工具可以在基因組中標記出潛在基因。